魅族MX2搭载了魅族全新开发的Flyme2.0， Flyme2.0是魅族基于Android4.1专门为魅族智能手机定制开发的，集操作系统、云服务、在线应用等为一体的系统服务，相对于之前广受好评的Flyme1.0有多达3452项的交互改进，并全新开发了应用加密、多媒体便笺、四方向全景拍摄等417项新功能。